הדרקון האגדי חזר לעולם הפשע של יאקוזה. לאחר שניתק את קשריו עם העולם התחתון, קאזומה קיריו, שנודע פעם בתור הדרקון של דוג'ימה, חי קיום שקט ועבד כנהג מונית בהאקטה.
אולם עם שחר המלחמה העקובת מדם בין שבט טוג'ו לברית אומי, קאזומה נאלץ לקבל את גורלו הבלתי נמנע ומוצא את עצמו חי בין פשעים ואלימות כדי להגן על יקיריו.יאקוזה 5ממשיך את הסיפור האפי של קאזומה ו-4 גיבורים נוספים, הארוקה סוואמורה, טאיגה סאג'ימה, טאטסואו שינאדה ושון אקיאמה.
הסאגה מתרחשת ב-5 ערים יפניות גדולות: טוקיו, אוסקה, האקאטה, נאגויה וסאפורו.יאקוזה 5כולל גם את "דרמה אחרת", סדרה של סיפורי צד המתמקדים בגיבורים בודדים. מערכות הקרב וההתאמה האישית שופרו ומיני-משחקים רבים זמינים במקומות המוכרים השונים של הסדרה, כולל מועדוני הלילה המפורסמים ו-SEGA CLUB האגדי.
