במהלך הפיתוח שלMetroid Prime, צוות אולפני רטרו חשב לכלול בתוכו, כגוןביצת פסחא ניתנת להפעלה, כולהסופר מטרויד, פרק היסטורי של הסדרה על SNES, אבלנינטנדו התנגדהלבחירה ומנעו להמשיך עם הבונוס המסוים הזה.
סיפור הרקע על יצירת Metroid Prime נחשף על ידידוד "זויד" קירש, שהיה מהנדס בכיר לפרק הראשון והשני של הטרילוגיה באולפני רטרו, לפני שעבר ל-Valve ו-Blizzard.
קירש אמר שהוא מעולם לא שיחק ב-Super Metroid לפני כן, אבל התחיל לעשות זאת כאשר הוטל עליו לפתח Metroid Prime, כדי לקבל הבנה מעמיקה יותר של הסדרה.
הוא מיד התאהב במשחק סופר נינטנדו וסיים אותו לפחות פעמיים בשבוע, מה שדחף אותו ליצור ביצת פסחא בתוך Metroid Prime שתאפשר לך לשחק בסופר מטרויד, אבל נינטנדו לא קיבלה את ההצעה. באופן רשמי, העמדה נומקה באי-אפשרות להשתמש ב-aאמולטור לא אושרכדי לגרום ל-ROM לעבוד בתוך משחק Gamecube, אבל אנחנו יכולים גם לדמיין איך החברה לא נראתה בעין יפה על הפצה כל כך "עליזה" של אחד מהכותרים הקלאסיים האהובים ביותר שלה.
עם זאת, הרעיון המשיך בדרך אחרת, ופנה למטרויד הזול יותר ל-NES, שנכלל במשחק גם הודות לאמולציה הרשמית של קונסולת ה-8 ביט שכבר פותחה עבור ה-Gamecube.
