המשחק הזה שונה מקודמו מסיבות שונות. פרויקט ראשון, שננטש מאוחר יותר על ידי Myamoto, כלל SMB2 עם קושי גבוה יותר מהפרק הראשון. אולם לאחר יצירת המשחק, מיאמטו הבין שזה קשה מדי ולכן זרק אותו (עם זאת הוא יגיע למערב ב-1994 תחת השם "Super Mario Bros.: The Lost Levels"). בינתיים, באותה תקופה, נוצר גרסה מחודשת למשחק אחר המפורסם מאוד ביפן אך לא ידוע במערב: "דוקי דוקי פאניקה: Yume Kōjō"שלא היה לו שום קשר למריו, לא מבחינה גרפית ולא מנקודת המבט של הסיפור. עם זאת, מיאמטו חשבה שהכי טוב להוסיף את הגיבורים הקלאסיים של סופר מריו ולהשיק אותו בשוק המערבי בתור "סופר מריו Bros. 2". מסיבה זו יש למשחק גרפיקה שונה מהפרק הקודם; הוא למעשה מעט "רך" יותר מאשר בעבר.
ההבדלים נמצאים גם בהיסטוריה...הכל מתחיל בחלום. מריו מוצא את עצמו בעולם מכושף, Subcon, שם הוא פוגש כמה דמויות שמבקשות ממנו להציל אותן מיבלת מסוימת. לאחר שהתעורר, מריו יוצא לפיקניק עם חבריו: לואיג'י, קרפדה (שדון הפטריות שאתה פוגש בטירות האחרונות של האחים סופר מריו) והנסיכה. ברגע שהם מגיעים למקום הם רואים מערה ונכנסים פנימה, מגלים שזו הכניסה לעולם הקסום שנראה בחלומו של מריו. מרגע זה מתחיל הסיפור האמיתי: מריו חייב להביס את היבלת הרשע ולהחזיר את Subcon לשגרה, כרגיל על ידי חציית רמות שונות.
...משחק נל...לאחר הגרפיקה והסיפור המחודשים לחלוטין, המשחק מושפע גם משינוי הכיוון הסוער של המשחק. רק תחשוב על איך אויבים נהרגים: במקום לקפוץ על הראש, יש לעקור אותם מהאדמה ולהשליכו לעבר אויבים אחרים; או במקרים אחרים תצטרך לתפוס כדור כדי לשלוח אותו בחזרה לשולח. יתר על כן, ישנן 7 רמות במקום 8, מה שמדגים את העובדה שהמגזר כולו שאול ממשחק אחר.
...ובדמויותניהול הדמויות אינו חף משינויים. בעבר יכולתם לבחור רק בין מריו לואיג'י רק לשחקן יחיד, כעת תצטרכו להחליט בין 4 דמויות שלכל אחת מהן יכולות שונות: לואיג'י יכול לקפוץ גבוה מאוד, הנסיכה יכולה לצוף לכמה שניות, קרפדה יכולה לתפוס חפצים והיא זריז מאוד ולבסוף מריו, שהוא הכי מאוזן.
גם האפיון השתנה: לואיג'י שונה ממריו מבחינת הגובה וגם בבגדים; זה מדגיש את יכולתו לקפוץ גבוה יותר.
גם נשימת האוויר הצח לא עוזבת את האויבים: האויב של מריו פר אקסלנס נעלם: Bowser. במקומו אנו מוצאים לטאה. בוב-אומב - הפצצות המהלכות - אוצי - הדינוזאור עם קשת על הראש - ושי גיא - מעין נינג'ה רעולי פנים - מופיעים.
שֶׁמַע:המוזיקה היא בפורמט MIDI בהתאם לסטנדרט של הזמן.
וִידֵאוֹ:למשחק יש תצוגת דו-ממד המשתנה אופקית ולפעמים אנכית.
