בהתחלה, רבים תהו מדוע סם בגד איכשהו ב-NSA ופנה לפשע. ואז, עם הגעת המשחק, הכל הובהר: אחרי הפרק האחרון, 'תורת הכאוס', סם ספג הפסד נורא, אובדן בתו היחידה שרה; בשלב זה הוא החל לקבל משימות מסוכנות ומסובכות יותר ויותר, עד כדי כך שחברו למברט הרחיק לכת והשעתה אותו ונתן לו הפסקה ארוכה. אולם לאחר זמן מה, למברט חוזר לפישר ומציע לו משימה עם משימות שעד אז היו זרות לדרך פעולתו של סוכן ספלינטר תא, כלומר היכולת להפוך לחלק מה-JBA, ארגון טרור מסוכן ביותר. , לדווח, מעת לעת, על המידע השונות שנאסף ל-NSA, במטרה להביס אותו מבפנים לאחר שרכש את אמונם. ברור שלפי התסריט של סיפורי הריגול הטובים ביותר, במקרה של כישלון ה-NSA תכחיש כל מעורבות ישירה בכל הפרשה.
זה מסביר את סם פישר החדש ב'גרסת האסיר' שיתחיל את המשחק כאסיר, בתוך תא של כלא אבטחה מקסימלית וממנו יוכל להימלט רק לאחר שיצר קשר וישחרר את ג'יימי וושינגטון, אסיר אחר אשר תשמש כנקודת מגע עם ארגון הפשע JBA. ברגע שיצליח לצאת מזה, סאם יהפוך למעשה לסוכן סמוי של ה-NSA שבמקביל יצטרך להשלים משימות עבור ה-JBA. במהלך כל המשימות שיוטלו עלינו, נקבל משימות משני הפלגים ובהתאם לאלו נשלים, נשמור על אמון צד אחד ולא של צד שני, עם השלכות ברורות על התקדמות העלילה והעלילה. משחק באופן כללי.
בקיצור, נקודת מבט חדשה שמביאה קצת חידוש לסדרה שעכשיו נראה היה שאין לה שום דבר חדש לספר. למעשה, לאורך כל המשחק זה יהיה תלוי בנו לבחור אם לשמור על פרופיל נמוך כלפי ה-JBA ולהשלים רק את המשימות הפחות 'מלוכלכות' או להפוך לטרוריסטים אמיתיים מכל הבחינות ולעבור לצד של הרעים. להיפך, נוכל להישאר נאמנים לנוסחת המשחק הישנה ולנסות להתחזות לסוכן שחדר ל-NSA מכל הבחינות, להביס את ה-JBA מבפנים ולהעביר את כל המידע שמגיע לידינו למברט ושות'. לכן אנו עומדים בפני נוסחת גיימינג חדשה לחלוטין שאנו לא יכולים לחכות לנסות, כדי שנוכל לומר אם הבחירה האמיצה הזו שנעשתה על ידי Ubisoft הגיעה למטרה או לא.
