מגה מן Xמסמן את המעבר של סדרת Mega Man מ-NES 8-bit ל-16-bit Super Nintendo. ספרייטים גדולים יותר, אויבים מוגדרים יותר וגרפיקה אולטרה-צבעונית הופכים אותו למשחק שעדיין ראוי להערכה מנקודת מבט אסתטית כיום וכנראה לאחד הפרקים הטובים ביותר.
העלילה מתרחשת מאה שנים לאחר זו של הפרק הראשון ורואה את הצגתם של גיבורים חדשים. הגיבורים, הרובוט X וצייד הראשים אפס, יצטרכו להתמודד עם הריפלואידים הנוראים שמאיימים על כדור הארץ.
המשחק הוא של משחק פלטפורמה קלאסי, עם רמות מורכבות מלאות באויבים להביס, כולל הבוסים הקלאסיים, חתימה אמיתית של הסדרה, שמוותרים על נשקם עם מותם. מהלכים חדשים בפרק זה כוללים את היכולת לטפס על קירות, לרוץ כמו רקטות ולהשתמש בגוף הקיברנטי של X כדי להשלים שדרוגים.
